五天之后，郑芝龙、郑鸿逵率兵到达，勒克德浑所部前锋，逼近延平，福州城，由此陷入危境。
虽说郑成功劝止郑芝龙投降清廷未果，至孔庙哭庙、焚儒服，与其父分道扬镳，可血脉亲情割舍不断。
事实上，在历史中郑成功也不是与其父反目成仇，只是郑芝龙欲投清，郑成功反对无效，然后郑芝龙要北上福州进见多铎、博洛，而郑成功劝阻，认为清廷为因此对郑芝龙不利，然而郑芝龙不听，他执意北上，这才有了郑成功率己部脱离南下广东之举。
所以，在刚开始时，郑成功并不全是因为忠诚于隆武朝，而与父亲反目。
而到了郑芝龙在福州被博洛软禁，携往顺天府之后，郑成功这才正式全力抗清，名义上是为了光复大明江山，可实际上，至少有一半是为了他的父亲。
试想，郑芝龙在清廷手中，如果郑成功无力抗清或者也投降了，那么郑芝龙对清廷的作用就没有了，只有郑成功始终坚定地抗清，郑芝龙才安全，郑成功越把清军打痛了，郑芝龙在清廷心中的份量就越大，这也是郑成功自始至终坚定抗清的原因之一。
当然，谁都有私心，乱世之中，能自始至终守得住心中底线者，都是英雄。
说这些，只是说明，郑成功与郑芝龙最多只是意见相左，并没有仇怨可言。
何况郑成功与其叔父郑鸿逵一直交情颇深，郑鸿逵虽说在镇守仙霞关时，得知清军逼近，未发一矢，闻讯逃窜，致使清军直入福建。可在郑成功举事之后，郑鸿逵也是追随郑成功抗清的，而且郑成功能率部脱离郑芝龙，如没有郑鸿逵暗中私放，郑成功也带不走那支军队。
所以，这种血亲对阵于城墙之上，对任何人都是一种折磨。
郑成功由此整个人恍惚起来，抵抗变得消极。
南城门一度失守，幸好张煌言有备，派一支吴争当时留下用来保护张煌言的军队，组成一只数百人的敢死队增援南门，经过一番浴血拼杀之后，才将郑芝龙所部赶下了城墙。
可能救得了一时，却救不了一世。
郑成功过不了心中心魔，就无法形成抵抗合力。
而三面都在交战，城中一时无法调整部署，否则将李成栋一部调防南门，也可阻止郑芝龙部的进攻。
紧急关头，黄道周与郑成功进行了一次深谈。
最后做出的决定，让人大跌眼镜——撤退，明军以撤出福州城，来换取清军不追击。
张煌言闻讯愕然，连李成栋这个叛将都为之愤然。
可古怪的是，隆武帝朱聿键竟同意了郑成功和黄道周的决定，答应派人与郑芝龙、多铎谈判撤军事宜。
两日之后，一万多明军有序撤离福州，至港口登船南下广州。