1906年底到1907年初的这几个月里，赵东云回到关外奉天后就是把主要精力都放在了内部区整顿上，军事上把三师五旅齐装满员，并利用有限的兵力布防东三省，整编巡警部队编成了十二个巡警团近两万人，同时还对东三省境内的大量土匪进行剿杀，为部队增加实战经验的同时也是肃清地方匪患。
政务上，他组建了东三省巡阅使府，裁并了大量行政机构的同时，也顺应时局建立了一批新式行政机构，从而奠定了东三省的现代化军政行政机构，以东三省巡阅使府为首，东三省陆军司令部和政务院并立，再有秘书处充当中枢、督察处充当司法监察，形成了由军方、文官、中枢、司法共同组成的行政体系。
经济上，赵东云组建奉天银行，推出奉天银元以及奉天纸币的同时，也是大力扶持民间金融业，推动传统的票号、钱庄进行现代化银行改革。
而在工商上，除了继续发展葫芦岛工业区外，他还筹办了营口工业区，喊出了打造‘世界级大豆产业基地’的口号，以东北的大量土豆为基础，深入发展大豆加工业，并且把大豆的两个主要加工产品：豆粉、豆油出口到日`本、欧洲，为东三省换取极为宝贵的外汇收入。
除了深入发展大豆产业外，赵东云自然也不会说放弃或者轻视其他产业，比如说纺织业，这个产业过去两年来一直都是东三省重点扶持的产业项目，工商局那边已经是制定了两大目标，一个是重点发展安东地区的生丝产业，安东地区的生丝产业虽然不如南方浙江、江苏这些地区的规模，但是在北方地区也算是勉强过得去了，而且生丝是中国当代少数几种能够大量出口创汇的产品，所以甭管规模大小，先发展了再说，能捞多少外汇就捞多少外汇。
第二个就是重点发展以葫芦岛工业区为核心的棉花纺织业，包括纺纱、织布、染布等一系列的棉花纺织产品，不过棉花产业压力比较大，它们不但要和日`本、英国等洋布竞争外，也要和南方南通土布为代表的南方国产纺织业竞争。
大豆、纺织这两大产业就是赵东云拟定的现今以及未来的东三省主要支柱性产业了，除了这两大产业外，还有造纸、面粉、酿酒、矿业、机械、化工等产业，不过这些规模都不大，暂时而言还无法成为东三省的经济支柱。
如今的东三省还不是后世的重工业基地，而是一个非常典型的农业经济地区，其最主要的产品实际上并不是钢铁和煤炭，而是小麦和大豆，而工业的发展实际上也是主要依靠这两种农产品。
赵东云倒不是不想弄出来几个超大型的钢铁厂，搞什么重工业，但问题是他没钱投资啊，退一步时候就算有钱投资，这练出来的钢铁他卖给谁去啊？
任何工业生产都是必须有市场支撑的，不可能说赵东云张张嘴，挥挥手建起来一大批的工厂，然后这些工厂就能够生产出产品给他制造税收了，这些工厂生产出来的产品还得有市场呢。