战争持续到如今的地步，其实有不少智者都有想要将战争停止的想法，不管这种结束战争的方式是哪一种，击败吉翁也罢，还是和吉翁何谈也罢。相较于双方不死不休的战斗来说，其实雷比尔将军也何尝没有想过以和谈的方式将这场已经持续了一年，也让世界人口少了一半的战争结束。
在原剧情里扎比家还没倒台的时候，雷比尔都愿意和德金进行谈判，虽然最终的结果不怎么美妙但起码也说明了雷比尔自身的想法，而如今战争的发起者，对于联邦无数高官来说无法容忍的反抗者扎比家已经倒台，雷比尔将军答应进行和谈的阻力也小了不少。
在加上比起原剧情之中更多的支持者的推动，可以说哪怕雷比尔不答应谈判也是不可能的了。扎比家倒台，可以说吉翁的主战派已经不在存在，而夏亚和联邦私底下签订的协议对联邦本身也是极有益处的，比如说其中一条，夏亚答应让联邦对新吉翁派出援助人员帮助的新吉翁进行改革，当然这些人员自然也有监视新吉翁发展的任务，而且也必须以隐藏身份的方法加入到新吉翁当中，并成为新吉翁某些部门的重要成员。
单是这一点就已经让联邦高层无法拒绝，在加上夏亚愿意主动逐渐的对现有军队的规模进行削减，并逐步在新吉翁内部改善民众对联邦的看法，以三年时间为第一个阶段完成以自治模式正式加入到联邦之中。
种种密约无不说明夏亚真心希望停止战争的渴求，虽然也有人怀疑夏亚和新吉翁会在这份密约之下是否隐藏着什么阴谋，但对联邦之中的某些人来说，也隐约之间从萧然和夏亚联合把卡尔玛给抓了的事情之中联想到，或许夏亚正是萧然在吉翁那边的合作者。所以才会那么积极的对停战的事情进行推动。
而在一些人的推动之下，正式的和谈也在双方的商议之中缓缓开启，基连?扎比也秘密从吉翁被运往地球，联邦接收到的是一个死去的基连，明面上是接受不了自己的失败在路上自杀，但实际上却是死在了萧然他们这些参与者的手中。
联邦和吉翁两边的谈判起码还得持续一个月两个月的。双方也不少的事情需要协商和谈判，比如吉翁目前在地球的部队全面撤离地球等等工作需要处理，在联邦内部人员和夏亚的共同维持下，继续爆发战争的可能性几乎已经没有，而萧然也不想在这种双方都在维稳的时间里继续留在这个世界，还不如赶紧完成任务离开，借着这一两个月的时间缓冲，再次回到这个世界也不会太多的改变。
基连的死亡也让任务的另一半只剩下了最后的一步，再次击杀一位扎比家的直系成员就可以完成任务回归普罗米修斯。可面对着接下来的扎比家成员，德金暂时不能死，夏亚在那次和他的谈话之后也也不想他死，德滋鲁一家也是一样，基西莉亚跑去了阿克西斯，卡尔玛虽然回到了吉翁但却是艾尔埃尔夫交易的一部分，暂时也不能死。
剩下的也就只有已经被杀死的基连这一房的成员，一个无辜的女人。基连的妻子。