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战事持续到十月末的时候，战场的格局便发生了悄然的改变。因为后勤补给的捉襟见肘，明军配备的佛郎机炮、鸟铳、火箭等装备所需的火药等物已经供应不上。清军渐渐开始占据战场的主动权。
多尔衮催动大军以盾车为掩护，对明军阵地展开反攻，没有了火炮、火器的支援，很短的时间内，明军先前夺取的两道壕沟又相继失守。
河北军、蓟镇军、大同兵死伤都是不少，但吴三桂等人的辽东兵马却在监军高起潜的刻意安排下，少有参加战事，即便是参加，也都是战况并不激烈的战斗，因此损失微乎其微。
退出壕沟之外，火器发挥不出威力，明军的车阵也是徒有其表，而清军乌真超哈部的火炮却是弹药充足，虽然数量不多，但威力着实惊人，特制的“天佑助威大将军”红衣大炮在攻坚战中发挥了巨大的作用，原本这些火炮由于自身重量极大，难于移动，现在却是加装了四轮的跑车，还有大批骡马、士卒搬运，因此，移动甚为迅速。
明军精心修筑的土堡、车阵、拒马等物在红衣大炮的实心炮弹的轰击下，如同是纸扎的一般，轻而易举的便被夷为了平地。
十月二十九的时候，多尔衮派出两路奇兵，阿济格率轻骑奇袭明军屯粮之地――笔架山，一把火烧掉了明军仅剩的粮草和辎重。而多铎则在松山与杏山之间的高桥设伏，全歼打算退往宁远的杏山守军，接着以红衣大炮为前驱一举击溃杏山堡的外围防线，自领精锐骑兵突入堡内，守将郑一麟死于乱军之中，多铎趁势拿下杏山堡。自此，洪承畴精心构筑的松山、塔山、杏山三点连为一线的防御体系彻底崩塌。
杏山堡陷落，硕托等两红旗左翼军立刻跟上，阻断杏山与塔山、松山之间的联络。如此一来，本就缺衣少粮的明军各部顿时大乱。
旗牌官跌跌撞撞的跑进洪承畴的中军大营，“督师，杏山失守，东虏将我军切为两段。吴三桂、唐通、马科三总兵已经擅自率军退往宁远，曹变蛟、杨国柱、白广恩三位总兵退往塔山堡，已经失去了音讯。”
大营之外的炮声隆隆，喊杀声震天，洪承畴却如同被抽去了所有的精气神一般，颓然的倒在自己的帅位之上，随军的幕僚个个抖如筛糠，威风八面的张若麒、马绍愉和杜勋也顿时没了主意，杜勋更是吵闹着要洪承畴立刻派人将他们送出重围。
一旁猛然间跳出来一人，奔至杜勋面前，不由分手，便是两个响亮的耳光打在他的脸上，“阉贼，若不是你等力主出兵与敌决战，焉能有今日之败！”
众人定睛一看，却赫然便是洪承畴的副手，时任辽东巡抚的邱民仰，此时的他已经是怒不可遏。阿济格火烧笔架山的时候，高起潜察觉到形势不妙，已经抢先一步去了自己的义子吴三桂的军中，笔架山宣告陷落，杏山摇摇欲坠的时候，这父子二人已经和辽东一系的马科等人忽然从战场上撤军，向着宁远撤退而去。这也造成了明军的门户大开，左翼随即宣告陷落，代善的两红旗已经向中军逼近。